根由3部分组成：根颈、块根、须根。根颈头（区别于“根茎”，根颈是根，根茎是茎）是根的上部，颜色较深，着生有芽；块根由根颈下方生出，肉质，粗壮，呈纺锤形或长柱形，粗0.6～3.5厘米，外表浅黄褐色或灰紫色，内部白色，富有营养，块根一般不直接生芽，断裂后却可萌生较小的新芽，因此秋季收集5cm以上的断根也可繁殖；须根主要从块根上生出，是吸收水分和养料的主要器官，并可逐渐演化成块根。芍药的根按外观形状不同，一般又可分为三型：粗根型、坡根型、匀根型。粗根型，根较稀疏，粗大直伸；坡根型，根向四周伸展，粗细不匀；匀根型，根条疏密适宜，粗细均匀等。根可入药。